A region in T17A5 is also found in at least six other Arabidopsis genomic clones. In T3F12, this repeat lies within intron 9 of a putative sulfate transporter gene. The function of this repeated element is unknown.

Alignment of seven Arabidopsis genomic sequences. A genomic repeat found in whole or in part in at least seven different sequences. The table below lists the genomic clones and the position of this genomic repeat within each clone.

       1                                                         60
 F2N1  AATAATATTGGTACCATAAAATTTTATTAATTTATAGTGATATTAGTTTATCCTATAAAT 
T17A5  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ATATAATAAATTAATAAATATTAATTAATAAGATAAATTAA 

       61                                                       120
 F2N1  TAATAAATATTTATAAATTTTTTTACGTAAAATACAATATTAAATTCTTTTAAATATGTT 
T17A5  TAAATATTAATTTAAAGAATATTTACGTAAAACACAATATTATTTTTTTTTAAACAATAT 

       121                                                      180
 F2N1  TTTTAATTTAATTTTTCTTATATTTTGTTGTTCGTATATTCAATTATGTTAAAAATT... 
T17A5  TTTTAATTTAGATTTTCTCGTATTTTGTTGTTTGTATATTCAATTATGTTATATATTTTA 

       181                                                      240
 F2N1  ATTTTTCTCTTGACTTTTTAATTTATTTTTTTACAAAATATTGTGTCCGTATATTTACGA 
T17A5  TTTTATTTTTGACTTTTTTAATTTATTTTCTTACAAGATATTGTGTTCGTATATCTACGA 
F5I10  ~~~~~~~~~~~~~~~TACTTTTTTTATTTTTTCTCTGTAAGATATTGTGCATGTATACGA 

       241                                                      300
 F2N1  CGTTAACGTGAGGCTTAATCCAATTTTTTTTAACACAAATCTTAGCAATGATT....... 
T17A5  CGTTAACGTATAGCTTAATCCAATTTTTCTTTACACAAATCTTAACAATGATTTTTCATA 
F5I10  CGTTAACGTGAGACTTAATCCAATTTTTTATTACACAAATCTTAACAATGATTTTTCATA 
T21B4  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~GCAATTATCGCGTCTAGAACTCTTC 

       301                                                      360
 F2N1  ..AAAAAATGTTACAAAACCAAATATGACGGATCAAATACGTAAGGAGTTATGTGAGTAC 
T17A5  GAAAAAAATGTTACAAAACCAAATATGATGGATCAAATACTCAAAGAGTTGTGTGAGTAC 
F5I10  TAAAAAAA.GTTACAAAACCAAATATGACGGATCAAATACGCAAAGAGTTATGTGAATAC 
T21B4  ATAACTTTTGTATGTATATCGAAAAGACAACACCAAGAGTTTTTGATGCAATAAAAAAAA 
T3F12  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~AATATTTATTAATTTATAGAA 

       361                                                      420
 F2N1  AAAAGAGATCATACCAACTGTACTCTAAAAAGAGTTGTAATTGTGGCTTGAATAAAAGTT 
T17A5  AAAAGAGATCATACCAACTGTAATCTAAAAAGAATTGCAATTGTAGTTTTAACAAAAGTT 
F5I10  AAAAGAGATCACACCAACTATACTCTAGAAAGAGTTGCAATTATGACTTGAACAAAAGTT 
T21B4  TTAGAGATGAACTTCAAAGAGATTCAAATTTTAAGAAAAGACAAATATAACGAAAGTCAT 
T3F12  ATATTTATCCTATAAATTAATACTCTAAAAAGAGTTGCAATTGTGGCTTGAAGAAAAGTT 
MPO12  ~~~~~~~~~~~~TTCAAAAAAATTCAAACTTAAAAAAAAAACAAATAACATTATAATACT 
 F5J6  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~TTCA 

       421                                                      480
 F2N1  TTAGATAAAATTAGTATTAGAATGTATGCTTAAGATTTATGATTATTAA.TTTATGATAT 
T17A5  TCATATAAAATTAGTCTTAAAATATTTGTTTAAGATCTATGATTATTAA.TTTATGATAT 
F5I10  TCATATAAAATTAGTCTTTGAATGTATGCTAAAGATTTATGATTATTAATTTTATGATAT 
T21B4  ATTATACTAGATTATTTTTAAAAGTATGTTTAAGATTAGTAATTATTAA.TTTATGATAT 
T3F12  TCATATAAAATTAATCTTAGAATGTATGCTTAAGATTTATG..TATTAA.TTAATAATTT 
MPO12  A.......AATTTTTTTAAAAATATATGTTTAAGATTTATGATTATTAA.TTTATGATAT 
 F5J6  TATTATACTAGATTATCTTAAAAGCATATTTAAGATTTATGATTATTAA.TTTATGATAT 

       481                                                      540
 F2N1  TATTAGGATCATATTTTTACATAGGGATTTCAAAAAGATTATTATCTTATTATCTTATCG 
T17A5  TATTGGAACCATATTTTTACATAGAAATTTCAAAAAAATTATTATCTTATTATCTTATCG 
F5I10  TACTGGTACCATATTTTTACATAGGGATTTCAAAAAAAATATTATCTTATTATCTTATCG 
T21B4  TACT.GGACCATATTTTGACATAGAGATTTCAAGAAAATTATTATCTTATTATCTTATCG 
T3F12  TATTGGAATCACATTCTTACATAGAGATTTCAAAAAAAATATTATTTTATTATCTTATCG 
MPO12  TATTAGGAGCATATTTTTATATAGAGATTTCAAAAAAAAAATTATCTTATTATCTGATCG 
 F5J6  TATTAGGACCATATTTTTACATAGAGATTTCAAAATAATTATTATCTTATTATCTTATCG 

       541                                                      600
 F2N1  ATTTTGGTTAATTTTTACATTGACCCGACTTGAGACCGACAAAATTTATTAATTTATCGT 
T17A5  ATTTTGCTTAATTTTTACATTGGCCCGACTTGAGACTAGCAAAATTAATTATTTTATTGT 
F5I10  ATTTTGGTTAATTTTTACATTACCCCGATTTGAGACCGACAAAATTTATTAATTTATCGT 
T21B4  ATTTTGGTCAATTTTTACATTGGTCCGAATTGGAACCGACATAATATATTAATTTATCAT 
T3F12  ATTTTGGTTAATTTATACATTAGCCCGACTTGATACTAACAAAATTTATTAATTTATCGT 
MPO12  ATTTTGGTTAATTTTTATATT.....TACACAGAACCGATAAAATTTATTAATTTATAGA 
 F5J6  ATTTTGGTTAATATTTACATTGGCCCGACTTGGGACCGACATAATATATTAATTTATCAT 

       601                                                      660
 F2N1  GTTTATTAATTTATCGAATATTAATTTATAGAGTTTCTACTGTATTATTTTCTTTCATAA 
T17A5  ATTTATTAATTTATCGAGTATTAATTTATAGAGTTTCCACTGTATGTGTTTTGTTGTTAA 
F5I10  GTAATATGTTTTGTTCAAATACCTTTTAATATCTATTTAAT~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
T21B4  ATTTATTAATTTATCGAATATTAATTTATAGAGTTTCTACTGTAATTTCAATTTAAGTGG 
T3F12  GTTTATTAATTTATCGAGTATTAATTTATAGAGTTTTTACTGTATATGTTACAAATTATA 
MPO12  ATAT~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
 F5J6  GTTTATTAATTTATCGAGTATTAATTTACAGAGTTTCTACTGTATTCATTGTACATACAA 

       661                         691
 F2N1  CAATGTTTTTCTTTTATTTGCAAAACATTTT
T17A5  GTAAGATTTGTGACAGTAATGGTGATAGT~~
F5I10  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
T21B4  TTGAGGGTCTTTTTAAGACAATA~~~~~~~~
T3F12  ACTAGTAGAAAGTAAATGATTTTGTAAACTA
MPO12  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 F5J6  TTTTTTTATGAATAGTTTTTTTTAT~~~~~~

written 3 Nov 97
Larry Parnell