BAC T2H3 encodes a 2088-bp element repeated dozens of times in the A. thaliana genome. This element is also found in the FCA0 contig (Z97335) at 96.1% identity and in BAC T3F12 (AC002983). An alignment of these three sequences is presented. A short indirect repeat is noted at the end of the alignment.

       1                                                         60
 T2H3  AATAAAAGTTTCAACTAAAGAAATCCTACTATATTATTTGGGAAGTACATTTTAAATATA 
 FCA0  TTTATTTTTTGTGAGATAGAAAATCCTACTATATTATTTGGGAAGTACATTTTAAATATA 
T3F12  AAGGAGATACGAAGCAACCAAAATCCTACTATATTATTTGGGAAGTACATTTTAAATGTA 

       61                                                       120
 T2H3  ACCTTAATTTTTGTAAGTAATTACATAGGTATGCTATTAGAAATAAAATTTTAAAG.... 
 FCA0  ACCTTAATTTTTGTAAGTAATTACATAGGTATGCCATTAGAAATAAAATTTTAAAGAGTA 
T3F12  ACCTTAATTTTTGTAAGTAATTACATAAATATGCCATTAGAAAAAAAAATTAAAAG.... 

       121                                                      180
 T2H3  ............................AGTAAATTAATTTATCTCTTTAAAGATTAAAA 
 FCA0  AATTAATTTATCTCTTTAAAGATTAAAAAGTAAATTAATTTATCTCTTTAAAGATTAAAA 
T3F12  ............................AGTAAATTAATTTATCTCTTTAAGGATTAAAA 

       181                                                      240
 T2H3  AGTCAAATACTAATTTAATTAATTAAATTTAATT.TAAAAACGAAATACATTATTAATTT 
 FCA0  AGTCAAATACTAATTTAATTAATTAAATTTAATTAAAAAAACGAAATACATTATTAATTT 
T3F12  AGTCAAATACTAATTTAATTAATTAAATTTAATT.AAAAAACGAAATACCTTATTAATTT 

       241                                                      300
 T2H3  TCAAAAATAATAACCAATCAAAATCAACATATAAGATTTGATATCTAAATTTTAATTAAT 
 FCA0  TCAAAAATAATAACCAATCAAAATAAACATATAAGATTTGATATCTAAATTTTCACTAAT 
T3F12  CCAAAAATAATAACCAATCAAAATCAACATATAAGATTTGATATCTAAATTTTAATTAAT 

       301                                                      360
 T2H3  TTGATTTAATTAGAAAAATGAAATACATTATTAATTTGCAAAAAAGTAACCAATTAAAAT 
 FCA0  TTAATTTAATTAGAAAAACGAAATACATTATTAATTTCCAAAAAAGTAACCTATTAAAGT 
T3F12  TTAATTTAATTAGAAAAACAAAATACATTATTAATTTCCAAAAAAGTAACCAATTAAAAT 

       361                                                      420
 T2H3  CAACAAATTAGATTTGATATCTAAATTATCATATTAATTTTTTATTAATTATTATAATTC 
 FCA0  CAACAAATTAGATTTGATATCTAAATTATCATATTAATTTTTTATTAATTATTATAGTTC 
T3F12  CAACAAATTATATTTTATATCTAAATTATCATATTATTTTTTTATTAATTATTATAGTTC 

       421                                                      480
 T2H3  ACTTCTCATCTTTATATGATTCTATTTTTACAAAAAAATAATATCATCATTATAAAA.AA 
 FCA0  ACTTCTCATCTTTATATGATTCTATTTTTGC.GAAAAATAATATCATCATTATAAAA.AA 
T3F12  ACTTCTCATCTTTATATGATTCTATTTTTGC.GGAAAATAATATCATCATTATAAAAGAA 

       481                                                      540
 T2H3  ATAATTAGAGTTTTTTCGCATATGCAACAATTAGAATTTTTAAAAACGAATATAAACTGT 
 FCA0  ATAATTAGAGTTTTTTCGCATATGCCATAATTTGAATTTTTAAAAACGAATATAAACTGT 
T3F12  ATAATTAGAGTTATTTCGCATATGCCACAATTTGAATTCTTAAAAACGAATATAAACTGT 

       541                                                      600
 T2H3  TCAATACATGAAAAAATATTATACCGGGTGAAAAATAGATTTAAGAAAACTTTCTACTGA 
 FCA0  TCAATACATG.AAAAATATTATA.AAGGTGAAAAATAGATTTAAAAAAACATTCTACTGA 
T3F12  TCAATACATGAAAAAATATTATAACGAGTGAAAAATAGATTTAAGAAAACTTTCTACTGA 

       601                                                      660
 T2H3  GTAACGGGTCATAATTTGAAATATTTATATTTAATTTCATACATATTATATTGAAAATTT 
 FCA0  GTAACGGGTCATAATTTGAAATATTTATATTCAATTTCATACATATTATATTGAAAATTT 
T3F12  GTAACGGGTCATAATTTGAAATATTTATATTCAATTTCATACATATTATATTGAAAATTT 

       661                                                      720
 T2H3  ATAATCTTATATACTATAATAATTAATAACATATTAGATTTTTTTATGTGTATGATGTGA 
 FCA0  ATAATCTTATATACTATAATAATTAATAACATATTAGATTTTTTTATGTGTATGATGTGA 
T3F12  ATAATCTTATATACTACAATAATTAATAACATATTA.................GATGTGA 

       721                                                      780
 T2H3  TTCAATTTTTAATACAAGCTAGAAAATCCTAGAATTG.ACGGGTTTAGATCGATATTAAT 
 FCA0  TTCAATTTTTAATACAAGCCGGAAAATCCTAGAATTGAACGGGTTTAGATCGATATTAAT 
T3F12  TTCAATTTTTAATACAAGCTGGAAAATCCTAGAATTG.ACGGGTTTAGATCGATATTAAT 

       781                                                      840
 T2H3  ACAAGATGGTCTACTACAGGTGAAACTCTTAAATTAACAATCAAAGTACAAGTGTATAAT 
 FCA0  ACAAGATGGTATACTACATGTGAAACTCTTAAATTAACAATCAAACTACAAGTGTATAAT 
T3F12  ACAAGATGGAATACTATATGCGAAACTCTTAAATTAACAATCAAAGTACAAGTGTATAAT 

       841                                                      900
 T2H3  CTTAAACACTAAACAATATAGATAATATCAATAAAACATATACAACTCACAGTTTACTAT 
 FCA0  CTTAAACACTAAACAATATAGATAATATCAACAAAACATATACAACTCACAGTTTACTAT 
T3F12  CTTAAACACTAAACAATATAGATAATATCAACAAAACATATACAACTCACAATTAACTAT 

       901                                                      960
 T2H3  ACATTTAAAATCAAATAAAATAATATCATATATTTTTAAATCATCTTTACAAT..AAGTT 
 FCA0  ACATTTAAAATCAAATAAAATAATATCATAT.TTTTTAAATCATCTTTACAATAAAAGTT 
T3F12  ACATTTAAAATCAAATAAAATAATATCATATATTTTTAAATCATCTTTACAATAAAAGTT 

       961                                                     1020
 T2H3  TTTAGTTTAACTAAAATATAAGCCTACCTGCGGTATACTACAGGTTAATATCTAGATTAT 
 FCA0  TTTAGCTTAACTAAAATATAAGCCTACTTGCGGTATACTGCAGGTTA..ATCTAGATTAT 
T3F12  TTTAGTTTAACTAAAATACAAGCCTACCTGCGGTATACTGCAGGTTAATATCTAGATTAT 

       1021                                                    1080
 T2H3  AGGGCTTATTGGATCTAAAGACGGGTCATCAAAAATTTCCTAAACTGAAGCAAAATATAC 
 FCA0  AGGGCTTATTGGATCTAAAGACGGGTCATCAAAGATTTCATAAACTGAAGCAAAATATAT 
T3F12  AGGGCTTATTGGATCTAAAGACGGGTCATCAAAGATTTCCTAAACTGAAGCAAAATATAC 

       1081                                                    1140
 T2H3  TGAATACTCAAATATCTATCTGTTACC.AATTATAAACAAATAAGTTCGTAAAACAATTT 
 FCA0  TGAATACTCAAATATCTATCTGTTACCAAATTATAAACAAATAAGTTCGTAAAACAATTT 
T3F12  TGAATATTCAAATATCTATCTGTTACCAAATTATAAACAAATAAGT........CAATTT 

       1141                                                    1200
 T2H3  AATATTTTATATACAAAATCAATTAAATCTTAATCACATA.AAAATTAGCAC.AAAAAAA 
 FCA0  CATATTTTATATACAAAATCAATTAAATCTTAATCACATA.AAAATTAGCACAAAAAAAA 
T3F12  AATATTTTATATACAAAATCAATTAAATCTTAATCACATATAAAATTAGCACAAAAAAAA 

       1201                                                    1260
 T2H3  GTATTCAACAATTAAAAAATTATCAAATCTCTGTGTTATATAAGTTTTGATATTATATTC 
 FCA0  GTATTCAACAATTAAAAAATTATCAAATCTCTGTGTTATATAAGTTTTGATACTATATTC 
T3F12  TTATTCAACAATTAAAACATTATCAAATCTCTGTGTTATATAAGTTTTGATACTATATTC 

       1261                                                    1320
 T2H3  GAATAAAGTGTAGTATTCCTTTTCAATTTGTA.TTATTTAACTAATTTAAGCTAACTAAT 
 FCA0  GAATAAAGTATAATATACCTTTTCAATTTGTATTTTTTTAACTAATTTAAGCTAACTAAT 
T3F12  GAATAA..TGTAATATACCTTTTCAATTTGTA.TTCTTTAACTAATTTAAGCTAACTAAT 

       1321                                                    1380
 T2H3  ATATTTGCTAATCTTATACCTATCAAAACCGACTATCATTTCTTATCTCTATAGTATTTT 
 FCA0  ATATTTGCTAATATTATACCTATCAAAACCGACTATCGTTTCTTATCTCTATAGTATTTT 
T3F12  ATATTTGTTAATCTTATACCTATCAAAACCGACTATCGTTTTTTATCTTTATAGTATTTT 

       1381                                                    1440
 T2H3  TGCAACACTTTTTTGGTGGATTTGGGTAAAAGTGCATTCGGGTCATATGGTACATTCCCC 
 FCA0  TGCAAGACTTTTTTGGTGGATTTGGGTAAAAATGCATTCGGGTCATATGATACATTCTCT 
T3F12  TGCAAGACTTTTTTGGTGGATTTGGATAAAAGTGCATTCGGATCATATGGTACATTCCCC 

       1441                                                    1500
 T2H3  TATTAAATAAATATGGTGTACTCCTATGTTATTAGCTAAAATATTTAAATTATAATTCAG 
 FCA0  TATTAAATAAATATGGTGTACTCCTATGTTATTAGCTAAAATGTTTAGATTATAATTCGG 
T3F12  TATTAAATAAATATGGTGCACACCTATGTTATTAGCAAAAATGTTTAGAATATAATTCAA 

       1501                                                    1560
 T2H3  AGTCATATCATAAGTAAAATTAATATTAATAAAATAAATGGCTTTTTGGCAAGACGGATT 
 FCA0  AGTCATATCATTAATAAAATTAATATTAATAAAATAAATGACTTTTTGGCAAGACGGATT 
T3F12  AGTCATATCATTAATAAAATTAATATTAATAAAATAAATTGGTTTTTGGCAAGACGAATT 

       1561                                                    1620
 T2H3  TGGAATGACGGGTTTTTGAATCAACATTAATAAAAAAGTAAAATATAATTAATCCACTGT 
 FCA0  TGGAGTGACAGGTTTTTGAATCAACATTAATAAAAATGTAAAATATAATTAATCTACCGT 
T3F12  TGGAGGGACGGGTTTTTGAATCAACATTAATAAAAAA.TAAAATATAATTAATCCACCGT 

       1621                                                    1680
 T2H3  TTCAATACAGGTTAAATCTTTAATTTATTATTTTTTAAGATCACTAATATTAAACATATC 
 FCA0  TTTAATACGGGTTAAATCTTTAATTTATTATTTTTTAAGACCACTAATATTAAACATATC 
T3F12  TTCAATACGGGTTAAATCTTTAATTTATTATTTTTTAAGACCACTAATATTAAACATATC 

       1681                                                    1740
 T2H3  AAATCATCCTAATTTAGAAAAGATTATATAAAACCAAAAATGTTATGTGGTATGTATAAT 
 FCA0  AAATCATCCTAATTTAGAAAAGATTATATAAAATCAAATATGTTATGTGGTATGTATAAT 
T3F12  AAATCATCCTAATTTAGAAAAGATTATATAAAACCAAAAATGTTATGTGGTATGTATAAT 

       1741                                                    1800
 T2H3  GTTACTATATATAAAATTAAATTATAAAATATAAATGTATGAGAGAATGATACAATTTGC 
 FCA0  GTTACTATATATAAAATTAAACTATAAAATATAAATGTATTAGAGAATGATACAATTTGC 
T3F12  GTTACTATATATAAAATTAAACAATAAAATATAAATGTATTAGAGAATGATACAATTTGC 

       1801                                                    1860
 T2H3  AAAACTTTTATATATAAAAAAGAATTCTTAAATTTTAAAAATTACTACTTTAAA.AAACA 
 FCA0  AAAACTTATATATATAAAAAATAATTCTTAAATTTTTAAAATTACTACTTTAAA.AAAAA 
T3F12  AAAACTTTTATATATAAAAAATAATTCTTAAAATTTAAAAATTACTACTTTAAACAAAAA 

       1861                                                    1920
 T2H3  AATCACAGGACGGGTAAATAAATTATAGAACAGGTTTTATTTTGGAATTGGGTTATATGG 
 FCA0  GATCACGGGACGGGTAAAGAAATTATAGAACATGTTTTATTTTGGAATTGGGTTATATGG 
T3F12  AATCACGGGACGGGTAAACAAATTACAGAACGGGTTTTATTTTGGAATTGGGTTATATGG 

       1921                                                    1980
 T2H3  TGGATGTATTTGAATCAATATTTATAAAATTTTAAATTATTATTATGCTGCTGTTTTAAT 
 FCA0  TGGATGTATTTGAATCAATATTTATAAAATTTTAAAATATTATTAATATGTTGTTTTAAT 
T3F12  TGGATGTATTTGAATCAATATTTATAAAATTTTAAAATATTATTAATATGCTGTTTTAAT 

       1981                                                    2040
 T2H3  AGGGGTTACAACTTCAGTTTTTTAACAATTGTCTCATGGATTCGTGGTATAGCGTTACTT 
 FCA0  AGGGGTTACAACTTCAGTTTTTTAACAATTGTCTCATGGATTCGTGGTATAGCGTTACTT 
T3F12  AGGGATTAAAACTTCAGTTTTTTAACAATTATCTCATGGATTCGTGGTATAGCTTTACTT 

       2041                                                    2100
 T2H3  AATAACAATTATAAACTGTAAAATATAAATATTTTTAAAAAATAAAAATTGCAAA.TTTA 
 FCA0  AATAACAATTATAAGCTGTAAAATATAAATATTTTATAAAAATAAAATTTGCAAATTTTA 
T3F12  AATAACAATTATAAACTGTAAAATAAAAATATTTTATAAAAATAAAATTTGCAAGTTTTA 

       2101                         --------><--------         2160
 T2H3  ATATATATTACTTTTA......AAATCGTCCTGCGGTATACCGCGGGTTAAAATCTAATA 
 FCA0  ATATATATTACTTTTAAAAAATAAATCGTCCCGCGGTATACCGCGGGTTAAAATCTAGTT 
T3F12  ATATATATTACTTTTAAAAAATAAATCGTACCGCGGTATACCGCAGGTTAAAATCTAGTC 

       2161         2177
 T2H3  TTATTGTAATACGTCTG
 FCA0  TGTGTAATAAACTATAA
T3F12  GTTTAGTAGATTTGAGA

written 31 Aug 98
Larry Parnell