T32N15, within the region of 82500, contains a long, imperfect inverted repeat. The coordinates of the repeat are from 80194 to 80807 (copy A)and from 83746 to 84391 (copy B). These two segments are 80% identical. These IRs are also similar to sequence from several other regions of the A. thaliana genome. The alignment presented below shows both copies of the T32N15 IR, a segment from chromosome V (MIK22) and one from chromosome IV (F05J06). In both T3215 and F05J06, this repeated region lies between predicted genes; the GenBank entry of the MIK22 sequence is unannotated.
Sequence Position
T32N15.IRcopyA 79912 to 81000
MIK22 complement (24718 to 25777)
T32N15.IRcopyB complement (83601 to 84500)
F05J06 66660 to 67686
1 50
T32N15.IRcopyA AAATATGAAA AAGACTATAA TTTAACTTAC GATATGCCGC ATGACTATTT
MIK22 ~~~~~~~~~A AAGACTAGAT TTTAACCCGC GATGTATTGC ATGACGATTT
T32N15.IRcopyB ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~
F05J06 ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~AA
51 100
T32N15.IRcopyA TGTTTTTTTA AGAATAAAAA TTTAATTTCT TTAGTCGATT AAAAATATAT
MIK22 TGTTCTTTTA AGAATAAAAA TTTAATTTAT TTAGTCGATT AAGAATATAT
T32N15.IRcopyB ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~
F05J06 ATATACGAAA CACTAGATTT TAACCCGCGG TACACCGCGG AACTATTTAT
101 150
T32N15.IRcopyA ATGATTTAAT GTTTTGTATT TTTTGAATGT ATAACTCTTA TATCTGTATA
MIK22 ATGATTTCAT ATTTTGTATT TTATGTATGT ACAACTCTTA TATATGTATA
T32N15.IRcopyB ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~TATAAATTA TCTATATGTA
F05J06 TTTATTAAAA GTAACTAAAA ATATATTATT TTATAAATTA TCTATATGTA
151 200
T23N15.IRcopyA TTATTTAGTA TACAATTACT ATGTTTGATT TTTACTGTTT AAGAATATAG
MIK22 TTATTCAATA TACAATTAAT ATGTTTGATT TTTACTGTTT AAAAATATAT
T32N15.IRcopyB ACATATTGTT TTATATTTTA TAAATATATA ATCTTAATTT CTATATATTG
F05J06 ACATATTGTT TTGTATTTTA TAAATATATA ATCCTAATTT CTATATATTG
201 250
T32N15.IRcopyA AAACAATAAC GTACAGTTCA TTAAGTTAAA ATCTAGATTA TAACTAAATA
MIK22 GAACAATAAT GTACAGTTCA TTAATTTAAA ATCTAGATTA TAACTAAATA
T32N15.IRcopyB TACAATCCAT TGATTTTATC ATGGAGTAAA CTGTAAGTC. ..........
F05J06 TACAATCCCT TGATTTTATC ATGGAATACA CCGTAAGTCG ATTTTTAAAA
251 300
T32N15.IRcopyA ATTTAAATTT AAA...TTAT ATTTATTTTA TTAATATTAT TTGTTTTGTT
MIK22 ATTTAAATTT TAA...TTAT CTTTATTTTA TTAATATTAT TTGTTTTGTT
T32N15.IRcopyB .......... .......... .......... ....GATTGT TTGTTTTGTT
F05J06 TTTAAAATTT AAAATTATAT ATGATTTTTG TTAAGATTGT TTCTTTTGTC
301 350
T32N15.IRcopyA TAGTATTTAA GATAATCTAA TTGTATTTTG ATTGTTATAT CTAGGAATCA
MIK22 TAGTTCTTAA GATAATATAA TTGTATTTTG ATTGTTATAT CTAGGATTTC
T32N15.IRcopyB ATATATTTTA AATTATATAA CTGTATTTTA ATTGTTAGTT ATAGGATTTC
F05J06 ATATATTTTA AATTATATCA TTGTATTTTA ATTGTTAGTT ATACGATTTC
351 400
T32N15.IRcopyA TCCCATGGTA TACCGTTTCG TATTAGTATC GACCCAAACC CGTCCTACCA
MIK22 ACCTGTGATA TACCGACTCT TTTTACTATC GACCCAAACA CGTCCTACCA
T32N15.IRcopyB ACCCGTTGTA TAACGTCCTA TATTACTATA AATTCAAATT CGTCTTATCA
F05J06 ACCCGTTGTA TAACGTGTCG TATTACTATA AACTCAAACC CGTCTGACCA
401 450
T32N15.IRcopyA TCTAATCCCG TTCAGCGAAA CTAAACATAT CTAATGGATT TCACCCGTGG
MIK22 TTTAATCCCG TTGAGTGAAA CTAAACATAT CTAATGGATT TCACTCGTGG
T32N15.IRcopyB TCTAATTTCG TTCAGTGAAA TTAAACATAT TTAATGGATT TCATCCGTGC
F05J06 TCTTATTCCG TTCAATGAAA TTAAACATAT TTAATGGATT TCATCCTAGG
451 500
T32N15.IRcopyA TATACCGTCT CGTATTACTG TCGATCCAAA TCCGTCTTAC CATCTAACCC
MIK22 TATACCGTCT CGTATTACTG TCGACCCAAA CATGTCCTAC CATCTAACCC
T32N15.IRcopyB TATACTCTCT CATATTACTA TCGACTAAAA CCCGTCCTAC CATCTAACCC
F05J06 TATACTGTCT CATATTACTA TCAACTCAAA CCCGTCCTAC CATCTAACCC
501 550
T32N15.IRcopyA TGTTTTGTGA AATTAAACAT TTTGTTTTTG TTAATTTTGT TTTAATAATA
MIK22 CGTGCAATGA AATTAAACAT TTTGTTTTTG TTATTTTTGT TTTAATAATA
T32N15.IRcopyB CGTTCAGTAA AATTAAATAT T...ATTTTA TTATTTTTGT TTTAATAATA
F05J06 CGTTCAATAA AATTAAATAT T...ATTTTA TTATTTTTGT TTTAATAATA
551 600
T32N15.IRcopyA CTTTAATTTA AAAGATATAT ACTTCAAATT AA.TTGAAA. AATTTCTTTC
MIK22 TTTTAATTTA AAAAACATAT AATTCAAATT AA.TACAAAT TTTTTCTTTC
T32N15.IRcopyB CTTTAA.TTA AAATATATAT AATTCAAATT AATTTCAATT TTTTTTATTT
F05J06 CTTTAATTTT AAATATATAT AATTCAAATC AATTTCAAAC TTTTTATTTT
601 650
T32N15.IRcopyA AAATGGTTAT TTAATTT... ....TTCTAA AATCCATACA TTATAATATT
MIK22 AAATGGTTAT TTAATTG... ....TTATAA AATACATACA TTATAATATT
T32N15.IRcopyB AAATGGTTAT TTAATCG... ....TTATAA AGTTTATATA TTATAATATT
F05J06 AAATGGTTAT TTAATTGTTA TAATTTATAA AGTTCATATA TTTTAATATT
651 700
T32N15.IRcopyA CTAAACCCGT CTCACCATCT AATCCAGTTC GGTAAAATTG GTTATTTAAT
MIK22 CTAAACCCGT TCCACCATCT AATCCAGTTC CGTAAAATTA AACATTTTTT
T32N15.IRcopyB CTAAACCCGT CACACCATAT AATCCCGTTC GTTGAAATTA AATATTATTG
F05J06 TTAAACCTGT CATACCATCT AATCCTGTTC GGTGAAATTA AACATTATTT
701 750
T32N15.IRcopyA TATTTTTTTC TTTTTTTCTA ATAAAATATT TTTTATTATA AAATTTATAA
MIK22 TGTTTGTTT. .......... .TAATAATAT TTTTATCAAA AAATTTATAA
T32N15.IRcopyB TTTTATTTTT TGTTT..... .AAATATTAT TTTTATTAAA AGATTTATAA
F05J06 TTTAATTTTT TGTTT..... .AAATAATAT TTTTATTAAA AGATTTATAA
751 800
T32N15.IRcopyA TTTAAATCAA TTTAAAAGTT TTCTTTTGAA ATGATTATTT AATTTTATAA
MIK22 TTCAAATCAA TTTAAAAGTT TTATTTTGAA ATGGTTATTT AATTTTATAG
T32N15.IRcopyB TTCAAATCAA TTTAAAAGGT ATCTTTCAAA TAGTTATTTA ATTTTTATAG
F05J06 TTCAAATAAA TTTAAAATGT GTCTTTCAAA TAGTTATTTG ATTTTTATAG
801 850
T32N15.IRcopyA TTTTCATATA TTATATATAT .....TCT.A AACATTTTTC GTTAAATATT
MIK22 ATTTTATATA ATATATATAT .....TCTAA AAGTTTTTTC GTTAAATATT
T32N15.IRcopyB ATTTCACATT TAAAATATTT ATCTATATGT AACATATAGT TTTGTATTTT
F05J06 ATTTCACATT TAAAATATTT CTCTATATGT AACATATAGT TTTGTATTTT
851 900
T32N15.IRcopyA CTAAATATTT TATAACCTTT AAATAACTAT AATATTTATC TTTAATAAAA
MIK22 TTAAACATTT TATAAACTTT AAATAACTAT AGTATTTATC TTTAATAAAG
T32N15.IRcopyB ATAAATATTA TAAATGTTTT TCCGTTAAAT ATTATAAACG TTTAATAAAT
F05J06 A......... .......... .....TAAAT ATTATAAACG TTTTATAAAC
901 950
T32N15.IRcopyA TAT.AATATT AATAAAGCCC TAAAATTTCT TTTTTTAAAA AATAATTAGA
MIK22 TAT.AATATT AATAAAGTCC TAAGATTTCT CCTTTTTAAA AGTAATTAGA
T32N15.IRcopyB TTTAAATAAT TACAAAATTT ACCTTTTAAT AAAGTATAAT ATTAATAATG
F05J06 TTTAAATAAT TACAATATTT ACCTTTTAAT AAAGTATAAT ATTAATAATC
951 1000
T32N15.IRcopyA ATTGATGGAG ATATATTAGA TAAGGAAATG CTAATAATTA AGAATATTAA
MIK22 ATTGATGGAA ATATATTAAA TAAGAAAATG CTAATAATTA GGAATATTAA
T32N15.IRcopyB TTGTAAATAA TTATGTGTAG CTAATTTTAA AGGATTTGAT TTAAGATTTG
F05J06 ATTTAAATAA TCATGTGTAG CTAATTTTAA GGGATTTGAT TTAAAGTTTG
1001 1050
T32N15.IRcopyA TTAATTGATA ATAATCAATT TCAATGACAT TCCTTGTAAA TAAGTTCCAA
MIK22 TTAAATGATA ATAATTAATG TCAATGGTAT TCCTTGTAAA TAAGTTCTAA
T32N15.IRcopyB TTGTTTGGAT TAAATTTGAA TG.ATAATGT GATTGATATA TTAAATCAAA
F05J06 TTGTTTGGAT TAAATTTGAA TGAATAATGT GATTGATATA TTAAATCAAG
1051 1100
T32N15.IRcopyA CTTGAGGATT TATTTGCTAA AATAGCTACA AAAATGTATA TGTAGATTAT
MIK22 CTTGAGAATT TAATTGCTAA AATTCCTGTA AAAATGTATA TGTAGATT~~
T32N15.IRcopyB AATTAAAAAT CAAATCAAAT AATTAAGGAA AAAAGATTTA ATGT~~~~~~
F05J06 AATTAAAAAT TAAATCAAAT AATTAAGGGA AAAAAAAATA ATGCCAATGG
1108
T32N15.IRcopyA TGTGAATC
MIK22 ~~~~~~~~
T32N15.IRcopyB ~~~~~~~~
F05J06 CATGCCAT
created 5 Sep 97
Larry Parnell